首先祝大家五一劳动节快乐
杂谈组装,是近三年来,生信人在公众号上原创的关于组装的话题文章。打击范围巨大,包括基因组的重要性介绍,基因组组装(细菌,病毒,小基因组,大基因组),基因组组装技术(二代,三代,Hi-C),转录组组装新进展,组装结果评估,最新技术比较和评论等等。
本资料适合那些对生物信息爱好,对组装技术热爱的小白们,文章内容简单,语言活泼,假日旅游,闲逛,上厕所,随手一翻的经典电子读物。
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摘抄部分内容
1、抢占一个高质量的基因组,不亚于占领一个狙击的高地。
2、从里面捞点叶绿体数据自己组装发篇小文章还是可以的。
3、如果说传统的测序仪类似传统互联网,那么Nanopore 就是今天
的移动互联网。
4、当然肖老师,是个工作狂,一看搞下去有前途,还返场优化了下
其他部分。
5、这里是婶婶也不能忍受的地方。
6、单纯跑软件组装后没有用热图评估的绝对也是耍流氓。
7、最近女神节,不流行撒狗粮虐狗,流行虐前任。
8、CEGMA 自己说BUSCO 已经把我踢走了
目录
一、基因组介绍
为啥要做基因组
三思后行的基因组项目
英文版基因组名词解释
二、小基因组装策略和方法
叶绿体组装.
线粒体基因组测序策略和方法.
细菌完成图组装软件简单介绍.
细菌基因组研究的变化
利用二代测序技术鉴定病毒.
高通量检测病毒的方法研究
三、大基因组组装
三代组装小基因组研究综述
个人电脑组装基因组
Hi-C 辅助基因组组装
Hi-C 辅助基因组组装现状
一款很傅园慧的杂合基因组组装软件
山羊基因组的爱情观
四、转录本组装
转录本组装哪家强
全长转录组你必须要看的
StringTie:一个转录组软件
HISAT, StringTie and Ballgown
五、综述与评论
10X,Chicago 和HI-C 组装谁会赢?
漫谈组装
基因组研究的常规套路
比较基因组学对进化和人类疾病的研究
组装技术新进展
六、组装结果评估
N50 多少,证明组装的好
基因组评估方法介绍
BUSCO:基因组组装完整性评估
JBrowse 安装
使用拟南芥基因组演示怎么配置JBrowse
参考文献
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